Οι «πράσινοι», στις 14 Ιουνίου του 1984, έρχονται σε συμφωνία με τον Βέλιμιρ Ζάετς. Τον τότε αρχηγό της Εθνικής Γιουγκοσλαβίας, με τον κόσμο της ομάδας να παραληρεί, μαθαίνοντας ότι ο άσος της Ντινάμο Ζάγκρεμπ θα φορέσει τη φανέλα με το «τριφύλλι».
Ο Ζέκο θα αγωνιστεί στον Παναθηναϊκό μέχρι το 1988. Συνολικά θα παίξει σε 67 αγώνες και θα σημειώσει 11 γκολ, ενώ θα κατακτήσει το νταμπλ του 1986 και το Κύπελλο το 1988. Φυσικά, θα αποτελέσει έναν από τους στυλοβάτες της ομάδας στην εκπληκτική πορεία του 1984 ως τους τέσσερις του Κυπέλλου Πρωταθλητριών Ευρώπης. Στον Παναθηναϊκό θα θητεύσει και από άλλα πόστα, όπως αυτό του προπονητή και του τεχνικού διευθυντή.