Αρχικά εκδηλώνεται ενδιαφέρον από τον Παύλο Γιαννακόπουλο, όμως τελικά με πρωτοβουλία του Γιώργου Βαρδινογιάννη και συνεννόηση με τον νομικό σύμβουλο του Αθλητικού Ομίλου, Μιχάλη Καραμανλή ο όμιλος Βαρδινογιάννη αποκτά το 55% των μετοχών. Πρόεδρος αναλαμβάνει ο ίδιος Γιώργος Βαρδινογιάννης.
Ο Γιώργος Βαρδινογιάννης έμεινε στο τιμόνι της ομάδας 21 χρόνια μέσα στα πανηγύρισε 6 πρωταθλήματα (1984, 1986, 1990, 1991, 1995, 1996), 9 Κύπελλα (1982, 1984, 1986, 1988, 1989, 1991, 1993, 1994, 1995), 4 νταμπλ (1984, 1986, 1991, 1995) και έζησε 3 σημαντικές ευρωπαϊκές πορείες.
Παράλληλα, ήταν εκείνος που έφερε πολύ σημαντικούς Έλληνες παίκτες στην ομάδα όπως οι Δεληκάρης, Γαλάκος, Κυράστας, Βαμβακούλας, Σαργκάνης, Αποστολάκης, Σαραβάκος, Χ. Δημόπουλος, Βλάχος, Μπατσινίλας, Γεωργακόπουλος αλλά και ξένους όπως τον Χουάν Ραμόν Ρότσα και τον Βέλιμιρ Ζάετς.
Στις 29 Μάϊου το 2000, ο Γιώργος Βαρδινογιάννης ανακοινώνει την απόφαση του να αποχωρήσει από την ΠΑΕ Παναθηναϊκός με τα παρακάτω λόγια «Όπως έχει εξελιχθεί το ποδόσφαιρο στην Ελλάδα, είμαι αναγκασμένος ή να κάνω συμβιβασμό και να προδώσω τις αξίες που υπηρέτησα ή να αποχωρήσω από την ηγεσία. Η Πολιτεία απουσιάζει. Στέλνω μήνυμα στην Πολιτεία. Έχει συνταγματική υποχρέωση να εποπτεύει τον αθλητισμό. Έμεινα μόνος. Μοναχικός καβαλάρης. Μ’ αρέσει, αλλά με στεναχωρεί ο λόγος που με αναγκάζει να φύγω».
Η ομάδα περνάει στα χέρια του ανιψιού του, Γιάννη Βαρδινογιάννη που όμως δεν έγινε ποτέ πρόεδρος του συλλόγου. Ο γνωστός και ως Τζίγκερ δεν έγινε ποτέ αποδεκτός από τους οπαδούς της ομάδας, καθώς του χρέωσαν τις αποτυχίες της ομάδας και την αδυναμία της να επιστρέψει εκτός του 2004 στην κορυφή του ελληνικού ποδοσφαίρου.
Η οικογένεια Βαρδινογιάννη αποχωρεί από το τριφύλλι στις 5 Σεπτεμβρίου του 2011 με τον Γιάννη Βαρδινογιάννη να ανακοινώνει την απόφασή του και να παραχωρεί τα κλειδιά της ομάδας.
Πηγή: sdna.gr
