Μερικούς μήνες μετά την αποχώρησή του από το τεχνικό team της Ακαδημίας του Παναθηναϊκού, ο Βαγγέλης Σάμιος υπέγραψε συμβόλαιο συνεργασίας με τον ΑΠΟΕΛ, αναλαμβάνοντας χρέη τεχνικού διευθυντή στην αντίστοιχη Ακαδημία της κυπριακής ομάδας.
Ο Σάμιος ξεκίνησε την προπονητική και τεχνική του καριέρα από την ακαδημία Juan Ramón Rocha, θήτευσε συνολικά για 3 χρόνια στην Ακαδημία του Ατρόμητου και 10 χρόνια στην Ακαδημία Παναθηναϊκού, από το 2007 έως το 2017.