Το τμήμα χάντμπολ του Παναθηναϊκού ιδρύθηκε το 1929 από τον Γιόζεφ Κίνσλερ προκειμένου να γυμνάζεται η ποδοσφαιρική ομάδα.Το ένδοξο 1981 για το ανδρικό χάντμπολ.
Υπεύθυνος τμήματος ανέλαβε ο Α. Δαπόντες και η ομάδα, στελεχωμένη ως επί το πλείστον από ποδοσφαιριστές, έλαβε μέρος στο πρώτο πρωτάθλημα Αθηνών.
Η δυναμική του Παναθηναϊκού στο σπορ, πάντως, φαίνεται από το γεγονός πως κάθε φορά που τίθετο αντιμέτωπος με τον Π.Γ.Σ. τον κόντραρε στα ίσα και αρκετές φορές τον νικούσε.
Ο Παναθηναϊκός επανασύστησε το 1980, έπειτα από πρωτοβουλία του Τζακ Νικολαΐδη, γενικού αρχηγού του Ομίλου που εκτελούσε παράλληλα και χρέη προέδρου .
Αρχηγός ήταν ο Δημήτρης Σταύρου και δίπλα του ήταν οι Σταυρουλάκης, Ματσκανίδης και Μαλακατές.
Προπονητής ανέλαβε ο Ζήσης Κουρέλλος ενώ αξιοσημείωτη ήταν και η παρουσία του βολεϊμπολίστα Μαλουσάρη στην ομάδα.
Η έδρα της ομάδας ήταν στα γήπεδα του Αιγάλεω, του Πανιωνίου και του Πανελληνίου μέχρι να καταλήξει στο κλειστό της Λεωφόρου. Τις δύο πρώτες σεζόν, ο Παναθηναϊκός αγωνίστηκε στην Α΄ Εθνική Κατηγορία Χειροσφαίρισης, ωστόσο η μετέπειτα πορεία της ομάδας δεν ήταν η καλύτερη δυνατή και στις αρχές της δεκαετίας του΄90 το τμήμα διαλύθηκε.
Σημαντικότερη σεζόν θεωρείται αυτή του 1980-81 όταν ο Παναθηναϊκός συμμετείχε στον πρώτο όμιλο του πρωταθλήματος και ισοβάθμησε στην τρίτη θέση μαζί με τον Τελαμώνα.
