Γεννήθηκε τον Δεκέμβριο του 1933 στην Επισκοπή Ρεθύμνου. Γιος του Ιωάννη Βαρδινογιάννη και της Χρυσής Θεοδωρουλάκη, ήταν το πέμπτο από τα οκτώ παιδιά της οικογένειας.
Αποφοίτησε το 1955 από τη Σχολή Ναυτικών Δοκίμων και ακολούθησε καριέρα αξιωματικού στο Πολεμικό ναυτικό (τότε Βασιλικό Ναυτικό). Αποστρατεύθηκε τον Ιούλιο του 1967 από το δικτατορικό καθεστώς της 21ης Απριλίου με τον βαθμό του πλωτάρχη, λόγω της αντιστασιακής του δράσης, και εξορίστηκε στην Αμοργό.
Μυήθηκε στο αντιδικτατορικό κίνημα του Ναυτικού και βοήθησε έτσι ώστε να εξασφαλιστεί ο ανεφοδιασμός των πλοίων σε περίπτωση εκδήλωσης κινήματος. Ασχολήθηκε με τις επιχειρήσεις του αδερφού του και από το 1972 ανέλαβε τη διοίκησή τους μετά τον πρόωρο θάνατο εκείνου.
Από το 1972 ο Βαρδής Βαρδινογιάννης διηύθυνε έναν από τους ισχυρότερους ελληνικούς επιχειρηματικούς ομίλους έχοντας δημιουργήσει ένα διεθνές φάσμα δραστηριοτήτων από τον πετρελαϊκό, τον εφοπλιστικό, τον τραπεζικό και τον ξενοδοχειακό χώρο καθώς και τα μέσα μαζικής ενημέρωσης. Οι σημαντικότερες εξ αυτών Motor Oil, Optima bank, Vegas Oil and Gas (Αίγυπτος), Avin Oil, Τράπεζα Πειραιώς, ANEK Lines, Ελλάκτωρ, Star Channel, Alpha TV, NJV Athens Plaza, AVE Group of Companies, Odeon, κ.ά. Ναυαρχίδα του ομίλου θεωρείται η μονάδα των διυλιστηρίων της Motor Oil Ελλάς.
Το 1989 δραστηριοποιήθηκε στα ΜΜΕ ιδρύοντας τους τηλεοπτικούς σταθμούς Mega (τον οποίο κατείχε μέχρι το 2019) και Star.
Τον Νοέμβριο του 1990 πραγματοποιήθηκε επίθεση με τρεις ρουκέτες εις βάρος του από τη 17 Νοέμβρη. Οι ρουκέτες βρήκαν στόχο το αυτοκίνητο που επέβαινε, όμως ο Βαρδινογιάννης σώθηκε χάρη στην πολύ ισχυρή θωράκισή του.
Ήταν παντρεμένος με τη Μαριάννα Βαρδινογιάννη με την οποία απέκτησαν πέντε παιδιά: τον Γιάννη (1962), τη Χριστιάννα (1964), τον Γιώργο (1967), τον Νίκο (1974) και τη Βαρδιάννα (1976).
